L’héritage de la liberté

这本书的中文名字被翻译为《自由的遗产》,如你所见,这篇日志是读书笔记。
作者是一位法国的种群遗传学家和人口学家,大体说来,和我是同行。
但是作者的视角并没有局限在生物学内部,而是扩散到人类社会文化。
这也正是我借了学校里面所有他的书的缘故。
作者在前言中推荐先看13~14章的现状,然后再从头看原因,本文也遵循此指导。

第13章 人类的特质
人类的特质是什么?人类区别于万物的东西是什么?
人类的特质,就是人类的精神,所有的感情活动,科学和文化。这些是在人类之前,宇宙所不曾有的。作为个人,既分享着这笔人类共同的财富,也做着自己的贡献。教育的目的就是使人“进入到人类的特质里去”。

第14章 一种可能的结局:集体大自杀
作者讨论了当今社会(上世纪八九十年代)的现实:人口膨胀,美苏冷战,核危机。
作者把人类的军备竞赛比作癌症,因为某个不经意的错误而不断暴涨。

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人与人之间的基因组相似程度只有99%?

新闻来源:Study: Humans’ DNA not quite so similar

克雷格·文特尔(J. Craig Venter),如果你不认识他,你就至少漏掉了人类基因组计划的一半内容。

他最新研究的结果表明,人与人之间的相似程度只有99%,而不是原来估计的99.9%。99%,这一数字是以前估计的人与黑猩猩之间的相似程度。
相应的,人与黑猩猩之间的相似程度降低到了95%。

这一突破发现来源于他在基因组中发现了大块大块的不相同部分,而以前的研究只关注了人群中结构(building blocks)的差异。

这一论文发表在PLoS Biology上,你可以在这里查看全文。
PS:论文中给出的相似度是99.5%。

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[学术]为何世上少有公花猫

在第六卷《凉宫春日的动摇》中,阿虚随口提到:

公花猫世上少有,至于为何少有,回去问你的生物老师。

嗯,我不是生物老师,但是这个连阿虚都不屑于解答的问题竟然让我这个生物专业的大学生困惑了一段时间。
在遗传学老师几乎要从脑海深处跳出来打我的时候,脑袋终于灵光了。


嗯,为什么母花猫会比较常见呢?
这涉及到遗传学上的一个名词:巴氏小体(barr body)。

如果各位还不明白的话,我就用一些高中的生物知识来解释一下。
首先各位必须知道哺乳动物都是有两套染色体的,一套来自父亲,一套来自母亲。
还记不记得性别决定呢?
在哺乳动物中,XX决定该生物为雌性,XY为雄性。
那么问题来了,雌性比雄性多了一个X染色体,由此造成了一个“遗传平衡”的问题。
但是我并不想深入这个问题,反正简而言之,多出来的一个X染色体必须使其失去表达作用。
生物在这里就采取了一种方法:把一个X染色体浓缩起来。

关键在于这个被浓缩的X染色体是随机选择的。还记得上面说过两个X染色体来源不同吗?
因此,浓缩不同的X染色体就有可能导致不同的毛发颜色。
那么公花猫是怎么来的呢?
如果继续用这个理论解释,大概三味线的性染色体异常,是XXY型。
这种基因型在表观上是雄性,但是仍然会有一个X染色体浓缩。
但是这种基因型出现的概率是很小的……所以世上少有公花猫吧。

各位注意没有一个问题呢?
男性也比女性多一个Y染色体啊,为什么没有遗传平衡的问题?
那是因为,Y染色体实在太小了,几乎可以忽略不计……

说说生物学研究

GRE终于考完了,很多人问我考得怎么样。这要怎么回答呢?
GRE本身并不像其他很多考试,它的运气成分很重的。
而且即使是最后拿到1400多分的人,在GRE的考场上也不敢说有什么好感觉。
新东方的老师更是说:通常感觉良好的都考不好。
而我却没有什么特别的感觉,跟平常模考一样的。
那么也就是1100~1200吧?
这个分数有什么用呢?
几乎就只能证明我考过GRE而已。

其实昨天的讲座蛮精彩的。
或者其实只是昨天我听得比较认真而已?
两位老师几乎代表了当今生物学研究的两大手段:经典的基于细胞学的实验和正兴起的基于分子生物学的实验。
而且两人的讲座内容很有分辨性的侧重了各自的研究方法。
在经典手段中,一般的模式是:特殊现象—〉对照实验—〉解释现象。可以借用已有的经典方法进行设计。但是实验方法的设计仍然是一个很重要的环节。可以说这一步直接决定了实验的成败。实验中极其注重对照和参数的选择,而实验的对象的决定比较依赖运气,因为此类实验在历史上已经做过千百遍,许多基因早已研究透彻。在结果上,此类实验较注重现象,因此实验的商业意义比较明确,但对于内在机理无法深入研究。但是此类实验对于资金的投入和设备的要求应该比后者要小。
在现代分子生物学手段中,研究对象已经不是生命的基础(细胞),生物学家的研究对象已经变成了凝胶这样的东西。一般模式是:特殊分子—〉研究结构—〉猜测功能。实验对于资金设备要求极高,特别是结构生物学,提纯蛋白做结晶的成本就不小。实验方法几乎都是提纯结晶之后测定结构猜测功能。除非有新的手段引入,否则短时间内看不出对实验设计的太高要求。(注:我这里说的不注重实验设计并不是不注重实验,其实该手段对于实验的精度要求更高。)因为目前该手段刚刚兴起,很多以前研究过功能的蛋白都可以拿来从结构上进行研究。在结果上,此类实验较注重机理,因此实验研究比较深入,但商业前景一般都不明显。

由以上两种实验方法,我在这里做一点点预测。
未来生物学必将引入一种新的方法,这种方法能在活体(生命状态的细胞)的条件下,追踪大量指定原子或分子的位置。核磁共振已经在这个方向作出了一些进展,但能力还不够。若是可以达到同时追踪10000~100000个原子的水平,则在活体条件下精确研究分子机制就有可能了。
这大概要伴随着计算速度的大幅上升了……